蚌埠醫學院有基礎醫學院、公共基礎學院、馬克思主義學院、臨床醫學院、檢驗醫學院、護理學院、醫學影像學院、藥學院、公共衛生學院、生命科學學院等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置
基礎醫學院

公共基礎學院

馬克思主義學院

臨床醫學院

檢驗醫學院

護理學院

醫學影像學院

藥學院

公共衛生學院

生命科學學院

精神衛生學院

衛生管理學院

口腔醫學院

全科醫學系

體育藝術部

繼續教育學院（老年大學）

2、蚌埠醫學院簡介
蚌埠醫學院（Bengbu Medical College）是安徽省省屬普通高等醫學院校，是國家首批具有學士和碩士學位授予權單位、國家首批卓越醫生教育培養計劃試點高校、國家首批大學生創新創業訓練計劃試點高校、國家首批臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點高校、教育部碩士研究生推免高校、國家級大學生創新創業實踐基地、國家級大學生校外實踐教育基地、教育部臨床醫學“5+3”改革試點高校、安徽省高校綜合改革首批試點單位、安徽省院士工作站和博士后崗位設置單位，是暨南大學、陸軍軍醫大學博士研究生聯合培養單位。 
學校創建于1958年7月，由原上海第二醫學院分遷和安徽醫學院援建而成，1968年改稱蚌埠反修醫學院，1970年9月，與安徽醫學院合并，改名為安徽醫學院蚌埠分院，1974年6月，恢復稱蚌埠醫學院。