會計核算是一切財務工作的基礎，合并高校財務的實質性合并中一個重要的內容是如何有序、高效地開展會計核算。然而，實踐中合并高校的會計核算卻面臨諸多的問題和困難。
一是資金撥款渠道不同。合并前的各校隸屬關系不同，分別屬于中央、省、地方管理，資金撥款渠道不同，并且由于在合并后較長的一段時期內資金的撥款渠道不會變，而不同級別主管部門對財務信息的需求不同，這就要求新的會計核算體系要能滿足不同級別的財政預算管理的要求。
二是核算模式不同。合并前各校的規模大小不一，管理體制不同，會計核算模式也不盡相同。規模較大、業務量大的學�？赡軐嵭�“集中管理、分級核算”或“分級管理、分級核算”，并已實現會計電算化核算；規模較小、業務少的學校則可能實行“集中管理、集中核算”，而且仍停留在手工做賬階段。
三是財務制度不一致。由于合并前各高校的財務是各自獨立的，各校結合自身情況都有一套適合自身的財務管理、會計核算制度，選用不同的財務軟件，設置不同的會計科目及賬務體系，各校區原有財務人員也形成了各自不同的賬務處理習慣及參差不齊的會計職業判斷能力，這給合并高校“統一政策、統一制度”和財務數據的合并帶來了極大的困難。
四是校區多且分布分散，總體業務量大但各校區工作量分布不均衡。合并后的高�；�本上都存在校區相對分散的情況，加大了統一進行會計核算的難度。合并高校規�；�本上都是成倍擴大，加之會計核算工作的逐步規范，導致核算的總體業務量也成倍擴大，但各校區日常會計核算的工作量分布卻極度不均衡。
五是會計人員素質高低不一，情況不熟悉。由于會計人員來自不同的學校，素質高低不一，且受原有會計制度、政策的影響已形成了一定的思維方式和賬務處理的“慣性”，對除各自原校區以外的校區情況不熟悉，如果在這樣的狀況下就匆忙上陣，將導致所獲得的會計信息一定程度上難以真實反映財務情況。
面對合并中存在的諸多摩擦和矛盾，高校要迅速完成賬務合并，有序地開展會計核算工作，實現會計核算的平穩過渡，應立足于學校長期發展的需要，充分考慮原來各高校的歷史情況，堅持“尊重歷史、立足現實、實事求是”的原則。具體可從以下幾個方面著手開展工作。
一、因校制宜，建立科學合理的會計核算模式
目前各高校普遍實行的核算模式主要有集中核算模式和兩級(多級)核算模式。在集中核算模式下，學校的全部資金由學校集中核算，二級學院和學校各職能部門不設賬，財務處設在有關校區的財務辦公室負責辦理校內各單位發生的會計業務。實踐表明，在合并之初采用集中核算模式不但有利于集中財力、合理調度資金，更有利于進行及時的會計分析，為決策提供更加全面準確的財務信息。但是，這種模式會帶來缺乏對會計人員的全面管理、服務不到位、弱化對基層的財務監控等一系列的問題，特別是如果將原來由二級財務進行核算的部分收歸為一級核算，極有可能會挫傷個別二級單位自覺加強財務管理的積極性。因此集中核算模式較適合規模不太大、管理層次不多的合并高校。
如果學校的規模較大，一級財務機構可以根據事權與財權相結合的原則和工作的需要，在校內教學、科研、后勤、校辦產業、科研開發及基建等部門設置財務機構作為二級核算單位，設立二級財務機構作為財務處的派駐機構，負責本級部門的會計核算工作。這種模式有利于明確責權利，保證財權與事權相結合，但是在操作中應充分重視各級之間權限的劃分，尤其要防止由于權限劃分不明造成“權利真空”現象，妨礙高校資金運動、資金循環的正常進行。
二、多管齊下，做好財務實質性合并中會計核算的基礎工作
(1)選擇財務軟件。高校財務實質性合并的“五統一”要求統一財務核算軟件。優秀的財務軟件可以優化管理資源，提高會計人員的工作水平和工作效率，從而實現科學、規范的管理。因此在財務軟件的選擇上，應盡可能選擇通用性強的軟件，選擇核算和管理功能兼備的軟件，選擇具有網絡功能和多校區、多賬套核算功能的軟件。
(2)科學合理的設置會計科目和賬簿。會計科目和賬簿的設置是會計核算和實施預算管理的基礎，在設置的過程中應結合學校實際，明確科目核算的內容和范圍，統一和明確各經濟責任部門的編號和項目編號。設置完成后的會計科目和賬簿應達到下述要求：能滿足不同級別的財政預算管理的要求；能滿足校內各級管理層次對經費核算、財務信息需要的要求；充分考慮原來各校的情況，保證會計信息的可比性和統一性；充分考慮合并后在接受各級各類部門檢查中數據統計過程中的可操作性和高效性。
(3)實施賬務合并。由于原有各校的財務數據存在口徑不一致等問題，財務合并應在財務清算的基礎上，在新設置的統一的會計體系下，結合數據形成的歷史原因認真分析，按新制度將數據盡可能合理地并入新設置的適當的會計科目中。有條件的，摘要應盡可能詳盡，特別是往來款項應盡可能注明最原始的發生日期，以利今后工作的開展。賬務合并的形式可以采用以表代賬，并表不并賬，也可以既并表又并賬；對數據量小的，也可利用原各校的科目余額表直接將數據輸入賬務系統，完成數據的初始化工作。但無論采用哪種形式，都必須在統一的核算口徑下進行。
三、機動靈活，適應高校財務實質性合并工作需要
(1)辦公網點的設置和安排。辦公網點的設置和安排問題直接影響到工作能否有序、高效地開展。由于條件的限制，合并高校在合并之初無法實現各校區之間的聯網。為了保證業務質量，首先，主校區在合并之初可以將的核算業務分為日常經費(不包括維修)、日常維修、基建、人員經費、后勤實體等幾類分別辦理，經過一定的磨合后，為方便教職工辦理業務，除單設基建、人員經費和后勤實體核算崗外，其他所有審核人員應辦理所有的審核業務；其次，在尚未實現聯網的其他校區，為方便教職工辦理業務，審、復核人員對所有的業務只進行初步處理，待一周結束后匯總并，統一錄入計算機系統，進一步處理，第三，為了提高工作效率、節約成本，對業務量較小的校區可按約定的日期派出會計人員進行“流動作戰”。這種模式有利于提高服務質量，方便教職工報賬、算賬，也有利于人員管理，規范會計行為，但同時也暴露出一些由于信息不通暢帶來的弊端。
(2)設立總復核和總稽核。針對核算人員業務處理習慣不同、口徑不一致的問題，考慮設立總復核和總稽核。即從現有人員中挑選業務全面、綜合能力強的人員擔任總復核和總稽核，其他人員制作的憑證首先需經總復核通過后才能進入付款環節，對復核過程中發現的由于核算口徑不一致問題應及時予以修正�；蛟诙ㄆ谶M行的業務討論會上討論后統一口徑。事后，所有的業務單據還要通過總稽核的再次檢查，對核算口徑再次規范統一。實踐表明，采用總復核替代原有的對審對復，對統一核算口徑可起到很明顯的效果，但這一方面對總復核人員提出了更高的要求，另一方面在核算業務量大、時間有限的情況下，這種方式無法提高工作效率，因此在磨合期結束后，可考慮其他的審、復核方式。
四、加強隊伍建設，不斷提高人員素質
財務實質性合并要求每位會計人員必須全面熟悉各自分管事項的經濟內容、經濟用途，按照新的制度、新的核算體系對有關業務進行全面、準確的會計核算，但是要改變每個人多年形成的固有思維模式和業務處理習慣必然是一個艱巨而漫長的過程，因此應重視隊伍的建設，有計劃、有組織、有重點地開展人員培訓。
培訓和學習的形式可以多樣化，除了通常采用的“上崗”前集中培訓、脫產進修、繼續教育等方式，合并高校在財務實質性合并過程中特別是“磨合期”應高度重視在工作過程中的學習和提高。首先，針對合并中層出不窮的困難矛盾和新情況、新問題，可定期召集財務人員會議，匯總、研究、分析、討論工作中遇到和發現的問題，達到解決問題、促進交流、統一認識、加深理解的效果。其次，采用輪換工作崗位的方式，讓所有的財務人員在各個校區以及各種性質的崗位之間進行輪換也是進行人員培訓的一種很好的方式。這樣不但提高了人員素質，更加快和解決了原有各校會計處理方式上的互相磨合。此外，應鼓勵財務人員搞科研、寫論文，對工作中的問題提合理化建議，凡是建議被采納、論文公開發表或有獨到見解的都給予適當獎勵，這在一定程度上可以激發學習的興趣和積極性，提高財務人員的業務理論水平。
培訓的內容應該盡可能涉及工作的各個方面。首先應進行財務軟件的培訓，現在的財務軟件中都融入了會計、財務、管理等先進的技術和方法，結合應用的軟件培訓是實現會計信息化的正常運行的前提。其次應進行新的核算體系的培訓，正常有序的核算離不開對核算科目、項目的準確理解和使用，現有的財務人員都習慣了原有的科目和項目，因此在培訓中應結合預算控制明確各科目核算的內容和范圍以及在使用中應注意的問題。最后，為統一會計行為，應進行新制度的學習和培訓，其中又尤以財務審批制度、差旅費報銷制度為重點。
財務實質性合并是高校合并的內在要求，實施統一的會計核算是財務實質性合并的基礎之一，也是合并高校實現快速合并、平穩過渡的基礎之一。不同合并高校的情況不同，因此在具體實施的過程中并沒有一成不變的成功經驗可照搬，廣大的高校財務工作者必須結合自身實際進行卓有成效的探索性的甚至是創造性的工作，為高校的健康發展獻計獻策。