1.水運企業會計核算辦法在《企業會計制度》的基礎上增設了“營業往來”、“輔助營運費用”、“營運間接費用”、“船舶共同費用”、“船舶維護費用”、“船舶固定費用”、“集裝箱固定費用”等科目;對“應收賬款”、“預付賬款”、“備用金”、“應付賬款”、“預收賬款”、“主營業務收入”、“主營業務成本”、“其他業務收入”、“其他業務支出”、“營業費用”、“管理費用”、“固定資產”等科目的明細科目設置和核算內容進行了補充規定;將“原材料”科目分拆為“材料(編號1213)”與“燃料(編號1214)”兩個科目，具體會計處理按“原材料”的規定執行。

水運企業應交的港口建設費、應交的客貨運附加費等在“其他應交款”科目核算;水運企業代收的其他運輸單位款與貨物保險費等在“其他應付款”科目核算。

2.企業可根據需要自行設置“撥付所屬資金”、“上級撥入資金”、“內部往來”、“特準儲備物資”等科目。

3.各企業可根據實際情況，在確保會計核算真實、完整、管理需要的基礎上，對本辦法中所補充會計科目的明細科目進行必要的增減、合并。