安全密帳案
　　2012年8月10日，臺北地方法院審理“安全密帳案”，李登輝首次以被告身份出庭。他說，本案起訴后等了一年多，終于有機會出庭說明。
　　李登輝以閩南語表示，為了出庭很早起床，昨晚也睡得很飽。媒體詢問他是否自認無罪？他說要看法官如何認定，本案起訴后他等了一年多，今天終于有機會出庭，等開完庭后會說明。
　　2011年6月以李登輝、臺灣綜合研究院創辦人劉泰英等涉嫌侵占密帳公款779萬多美元，透過洗錢后，購買臺灣綜合研究院辦公室及支付開銷，依貪污、洗錢等罪起訴兩人。
　　李登輝過去曾因臺當局前“國安局”會計長徐炳強被控“安全密帳案”，以證人身份到臺北地院作證。劉泰英被控“新瑞都案”，李登輝也被法院傳喚作證。
　　2013年11月15日，據臺灣“中央社”報道，臺灣當局前領導人李登輝涉“國安密帳”案，臺北地方法院15日一審判決李登輝無罪，同案被告劉泰英有期徒刑2年8個月，剝奪政治權利3年。全案可上訴。
　　“最高檢察署特偵組”2日表示，對無罪判決部分，提起上訴。
　　特偵組在2011年間認定李登輝、劉泰英涉侵占密帳公款779萬多美元，透過洗錢購買臺灣綜合研究院辦公室及支付開銷，依貪污、洗錢等罪起訴兩人。
　　臺北地方法院2013年11月15日判決李登輝無罪，同桉被告劉泰英有期徒刑2年8個月，褫奪公權3年。全案可上訴。
　　特偵組指出，檢方于2013年11月22日收受判決正本后，特偵組承辦檢察官與臺北地檢署蒞庭檢察官等人于會商研議后，均認就原審判決無罪部分均應提起上訴。

身世成謎
　　李登輝的“身世之謎”在政壇傳聞已久，卻始終未獲得證實。不過，臺“監察院”2013年初通過一份調查報告中，記錄學者戚嘉林在接受“監委”訪談時，曾提及李登輝“他應該是日本人的私生子沒有錯”等語，成為臺當局文件中談論李登輝身世的首例。
　　李登輝父李金龍，母江錦，李登輝為次子，上有年長兩歲的哥哥李登欽。