亳州職業技術學院有藥學院、醫學院、信息工程系、教育與管理學院、智能工程系、建筑工程系、馬克思主義學院、繼續教育學院等院系，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置
藥學院

醫學院

信息工程系

教育與管理學院

智能工程系

建筑工程系

馬克思主義學院

繼續教育學院

2、亳州職業技術學院簡介
亳州職業技術學院（Bozhou Vocational and Technical College），坐落于安徽省亳州市，是全日制公辦普通高等職業院校，中華全國總工會“職工教育培訓示范點”、安徽省中藥天然藥專業委員會主任委員單位、安徽省中醫藥現代化研究會中藥分會會長單位、安徽省亳文化研究會研究基地。

學院于2003年6月由安徽教育學院亳州教學點、合肥工業大學亳州教學點和亳州工業學校組建而成。