惠州工程職業學院有電子工程系、信息工程系、生物工程系、財經商貿系、工藝設計系、交通工程系、自動控制工程系、環境工程系、土木工程系、畜牧獸醫系等院系，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、教學機構
電子工程系

信息工程系

生物工程系

財經商貿系

工藝設計系

交通工程系

自動控制工程系

環境工程系

土木工程系

化學工程學

畜牧獸醫系

人文教育系

馬克思主義教學部

中職部

機電工程系

2、惠州工程職業學院簡介
惠州工程職業學院（英文：Huizhou Engineering vocational college）是廣東省人民政府批準，高標準、高起點成立的現代化公辦普通高等院校。位于粵港澳大灣區和珠江三角洲的中心城市 - 惠州。
2016年12月27日，廣東省高校設置評議委員會召開全體會議，經評議表決，同意惠州市人民政府設立惠州工程職業學院。